En el lugar se ubicaba la antigua ermita del Cristo de las Penas o Peñas. Este Convento está fechado en 1663, cuando se trasladó al mismo la comunidad de Trinitarios Descalzos que abandonó el antiguo cenobio de la cornisa del Tajo. Uno de los personajes claves en la construcción del edificio fue el noble Juan Núñez Salcedo, quien reservó para sí y su familia el patronazgo del Convento y Capilla mayor, afectado por la segunda Desamortización, permanecieron los Descalzos hasta 1836, de ella sólo queda la iglesia, de planta de cruz latina inscrita en un rectángulo, con tres naves separadas por pilares cuadrados que llevan adosadas pilastras corintias.
Se convirtió en templo auxiliar de la parroquia de Santa Cecilia (hoy Padre Jesús), hasta que en 1875 fue convertida en parroquia con este nombre y trasladada hasta allí su titular, por su mayor amplitud y céntrica ubicación. Por aquellos tiempos el recinto ya se utilizó como Escuela de Enseñanza Elemental y Superior y Colegio de Humanidades
La plaza donde se encuentra se remodela a finales del siglo XIX. De forma triangular, con el lado menor cerrado por el lateral de la iglesia del exconvento de los Descalzos y en el centro un jardín.
Tiene una fachada lateral, sobria y sencilla, de mampostería y ladrillo, con una portada de piedra con arco de medio punto y pilastras, en las que se apoya un frontón partido con hornacina. En ella aparece la torre-campanario de dos cuerpos.
Posee una puerta central de una gran belleza y valor artístico. Con un arco de medio punto enmarcado por columnas toscanas que sostienen un frontón partido rematado por pirámides y bolas. En el tímpano aparece un medallón con la representación de la santísima Trinidad y un grupo escultórico en el que figuraba un ángel enarbolando cadenas, flanqueados por dos personajes en posición orante, que rememora la visión milagrosa que tuvo el fundador de la Orden San Juan de la Mata. Este ángel debido a su deterioro fue sustituido por una cruz latina de piedra a mediados del XIX. Tiene un segundo cuerpo con columnas toscanas pareadas, y un tercer cuerpo, más pequeño, remata la fachada con un frontón curvo partido, con un balcón en el tímpano con el escudo papal coronado por una cruz.
Fue una de las iglesias que menos deterioro sufrió durante la guerra civil, pues fue convertido en cuartel por las tropas republicanas. Posee dos retablos: el de San Antonio, de madera policromada con espejería del siglo XVIII, y de la Trinidad, de estilo neobarroco. La cúpula del crucero se decora con pintura mural del siglo XVIII. Y hay que hacer mención de un óleo sobre lienzo que representa la “Muerte de San Francisco Javier” de Fernández de Salazar y Montiel, del siglo XVIII; y del mismo siglo, la copia realizada por Rafael Borrajo de “la Virgen de la Faja”, original de Murillo.